Сюжет игры перенесет во временной период, находящийся между вторжением Шиннока (МК4) и формированием Смертельного Альянса.
[spoiler]
...Саб-Зиро, преследуемый Лин-Куэй за предательство всё это время, появился снова, чтобы помочь земным воинам противостоять могущественному Шинноку. Клан Лин-Куэй в то время был в упадке - воины один за одним уклонялись от трансформации в киборгов, а те из них кто жаждал этого, хотел этим лишь затмить свои физические недостатки. Поэтому Лин Куэй решили, что голова предателя может стать нужным символом для поднятия духа своих воинов. Для поимки Саб-Зиро был выслан самый успешный киборг и самый преданный ниндзя - Сектор. Однако, сражаясь с многочисленными ордами воинов внешнего мира в прошлом, Сектор усомнился в своей слепой верности и приобрел собственную точку зрения. Наблюдая за упадком клана Лин куэй, он понял, что ныне действующие правила не способны сплотить воинов. Поэтому итогом его погони за Саб-зиро стало его самовольное возвращение в храм Лин-Куэй и убийство столь долго управлявшего Грандмастера. Однако вместо того, чтобы забрать титул себе, Сектор объявил что управлять кланом сможет лишь настоящий достойный воин ниндзя, неважно какой группировки. Первым он пригласил на турнир Саб-Зиро, с коим обещал встретиться в бою лично.
В межклановой политике ниндзя наступил раскол, поскольку каждый клан желал присоединить ранее могущественный ЛинКуэй себе. Ниндзя собирались на турнир с разными целями, однако мало кто из них намеревался драться честно. Каждый привел с собой армию своих соклановцев, и, пока в храме будет проходить турнир, у его стен будет скрытая резня...
Let Mortal Kombat begin[/spoiler]